Сохранение здоровья всех категорий военнослужащих являлось главной задачей медицинской службы, которая была напрямую подчинена начальнику училища. Начальниками медицинской службы в разное время были подполковник медицинской службы Батраков Г. Г., подполковник медицинской службы Фахрутдинов М. Ф., подполковник медицинской службы Маринеску, подполковник медицинской службы Катриченко, подполковник медицинской службы Герасименко В. М. В состав медицинской службы входили:

• поликлиническое отделение;  
• лазарет.